Tại khu di tích, diễn biến về cuộc khởi nghĩa Ba Đình cũng được tái hiện qua hai bức phù điêu bằng đá khổ lớn. Các nghệ nhân đã phục dựng hình ảnh từ quá trình nghĩa quân chuẩn bị lực lượng đến giai đoạn chiến đấu và hy sinh anh dũng.
Dù thất bại, khởi nghĩa Ba Đình trở thành một trong những căn cứ tiêu biểu của phong trào Cần vương tại Thanh Hóa cuối thế kỷ 19.
Năm 1945, bác sĩ Trần Văn Lai làm Đốc lý Hà Nội đã đổi tên vườn hoa Pugininer trước Phủ Toàn quyền Đông Dương thành Vườn hoa Ba Đình, gợi nhớ cuộc khởi nghĩa tại Thanh Hóa. Ngày 2/9/1945, Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc Tuyên ngôn Độc lập tại đây. Từ đó, Ba Đình trở thành tên quảng trường và quận trung tâm của Hà Nội, gắn với nhiều sự kiện lịch sử quan trọng của đất nước.
Căn cứ khởi nghĩa Ba Đình tại Thanh Hóa được công nhận là Di tích lịch sử cấp quốc gia năm 1992. Tuy nhiên, sau 140 năm, phần lớn dấu tích của căn cứ cũ không còn. Năm 2022, UBND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt dự án bảo tồn, tôn tạo khu căn cứ khởi nghĩa Ba Đình với tổng mức đầu tư hơn 95 tỷ đồng, công trình đã cơ bản hoàn thiện.